I Stubbekøbing ligger en gammel kirke, hvor den ældste del, som er skibet, menes opført ca. 1140-1160. Det er med Stubbekøbing kirke som med de fleste kirker, ingen ved hvem der har bygget kirken. Men der er mange gæt og en del folkehistorier forbundet med kirken. Kirken er bygget på et sted, der omkring 1100-årene var meget udsat for vendiske overgreb, og har efter datidens forhold en størrelse, der ikke svare til, hvad der må forventes af beboere i området dengang. Stubbekøbing er ifølge folkefortællingerne grundlagt på en gammel handels-plads fra vikingetiden. Byens geografiske form er givet af dens daværende placering på en krum stub eller en gren, der skærmede af for en fjordhavn mod syd.

Den daværende fjordhavn var meget brugt under vikingetiden som ledingshavn. Aktiviteterne omkring havnen og handelspladsen på stubben, kan være årsagen til opførelse af en kirke i overstørrelse. En stor søgning til handelspladsen, eller de mange mennesker, der samledes i ledingshavnen under leding, kunne være grund til behovet for en kirke, der kunne rumme omkring 500 stående personer.

Der er endnu ikke fundet spor af bebyggelse omkring kirken, der er ældre en kirken selv. Der har jvf. folkefortællingerne været en mindre fiskerleje på stedet år 1000-1100. Under kirkens restaurering i 1882 under ledelse af professor Storck, fandt man rester af en tidligere mindre kirke under det
nuværende gulv i kirkeskibet.

Den tidligere kirke som lå på stedet var af en størrelse, der passede bedre til forholdene. Kulturlaget på torvet og omkring kirken er kun ca. 30 cm hvilket passer med kirkeskibets gulvniveau, der ligger 2 trin under pladsen foran hovedindgangen. Gulvet i skibet ligger stadig i 1100-tals niveau.

Det spor af den tidligere kirke, som blev funder i 1882 under restaureringen, er sandsynligvis resultatet af det vendiske angreb år 1158, venderne var hedninger og kirkerne var et let mål. Kong Valdemar kunne her mistænkes
for, at have givet en kompensation for sin manglende deltagelse under angrebet, i form af en ny kridtstenskirke. Den skulle opføres på handelspladsen, der var underlagt kongen og kunne bruges af Absalon til kirkelige handlinger over for de mange skibsbesætninger der samledes i ledingshavnen før et storangreb på Venden.

Til sammenligning kan nævnes at der på samme tidspunkt blev bygget kridtstenskirker i Ringsted og Brønshøj. Om sidstnævnte kan man læse følgende: "Brønshøj kirke som var viet til St. Laurentius har utvivlsomt stået færdigbygget inden 1193, da Absalon ved et pavebrev fik bekræftet
kaldsretten til bl.a. Brønshøj kirke. Men det fremgår ikke klart om kirken hørte med til Kong Valdemars store gavebrev til Absalon, en gave som indbefattede havn (senere København) med tilliggender (jorder)".
Havnen (København) blev brugt til ledingshavn og Brønshøj kirke blev brugt til kirkelige handlinger før de drog ud på tugt. Der er en funktionsmæssig sammenligning imellem Brønshøj og Stubbekøbings ledingshavne og kridtstenskirker. Ledingshavnene var i funktion samtidig og kirkerne blev opført under samme konge og under samme forhold. Af andre sammenligninger kan nævnes materialevalg som er kridtsten fra Stevns samt en arkitektonisk udformning der er slående ens. Begge kirker fungerede ved en stor ledingshavn. Meget tyder på at det var Kong Valdemar den Store, der byggede Stubbekøbings kridtstenskirke.